Отдел финансов и бухгалтерского учёта осуществляет ведение финансовой деятельности Центра и отвечает за своевременную выплату заработной платы сотрудникам, приобретение рабочего оборудования, контроль бюджетных средств, а также за налаживание финансовых взаимоотношений с Министерством финансов Республики Таджикистан и другими соответствующими структурами.

В настоящее время в штатном составе данного отдела работают 2 высококвалифицированных сотрудника: Мухаммедов С. — начальник отдела, и Кабиров Н. — ведущий специалист.