Академия сельскохозяйственных наук Таджикистана была создана на базе отраслевых научно-исследовательских учреждений как научно-исследовательское учреждение Указом Президента Социалистической Республики Таджикистан № Ф11-173 от 19 июля 1991 года и Постановлением Совета Министров Республики Таджикистан № 294 от 27 сентября 1991 года и является результатом независимости Республики Таджикистан. Основная цель организации Академии — повышение эффективности исследований, подготовка высококвалифицированных кадров, улучшение координации сельскохозяйственных наук в республике, сотрудничество с отечественными и зарубежными профильными учреждениями и обеспечение научного развития отраслей агропромышленного комплекса.
Развитие Академии в период государственной независимости постоянно поддерживалось Главой государства и Правительством Республики Таджикистан, и постановлением Правительства Республики Таджикистан от 30 декабря 2015 года № 790 была утверждена «Государственная программа развития Академии сельскохозяйственных наук Таджикистана на 2016–2020 годы», выполнение которой способствовало развитию Академии. С целью дальнейшего развития Академии постановлением Правительства Республики Таджикистан от 30 апреля 2021 года № 171 была утверждена «Государственная программа развития Академии сельскохозяйственных наук Таджикистана на 2021–2025 годы».
Академия координирует исследования в области сельского хозяйства во всех структурах агропромышленного комплекса республики, имеет важную роль в развитии отраслевых направлений и увеличении производства продукции. В связи с этим в выступлении Президента Республики Таджикистан, Лидера нации уважаемого Эмомали Рахмона, при встрече с работниками науки и образования и творческой интеллигенцией страны 18 марта 2020 года было отмечено: «Основная задача данной Академии — через научную деятельность во всех областях сельского хозяйства достигать новейших достижений в этой сфере и способствовать реализации одной из стратегических целей страны — обеспечения продовольственной безопасности».
Новая структура Академии была утверждена постановлением Правительства Республики Таджикистан от 31 августа 2020 года № 487 «О внесении изменений в постановление Правительства Республики Таджикистан от 02.05.2008 № 215». В настоящее время Академия включает 11 научных учреждений, в том числе: Институты растениеводства, садоводства и виноградарства, овощеводства, почвоведения и агрохимии, животноводства и пастбищ, ветеринарной медицины, проблем биологической безопасности и биотехнологий, экономики и системных исследований развития сельского хозяйства, Национальный центр генетических ресурсов, Научный центр инновационных технологий и механизации сельского хозяйства, Республиканский научно-исследовательский центр плодоводства и Научный центр сельского хозяйства Памира. Научные учреждения имеют 24 филиала, станции и опытные хозяйства.
Академия сельскохозяйственных наук Таджикистана является государственным научным учреждением с самостоятельным управлением, которое в своей деятельности обеспечивает решение вопросов планирования, координации, научного и методического руководства при развитии приоритетных фундаментальных и прикладных исследований в сельском хозяйстве, эффективное использование научных достижений и подготовку высококвалифицированных научных кадров.
В своей деятельности Академия руководствуется Конституцией Республики Таджикистан, другими нормативными правовыми актами Республики Таджикистан, настоящим Уставом и признанными международными правовыми документами.
